Les premiers missionnaires arrivés à Antoura en 1629 sont les pères Capucins. La chute de l’émir Fakhredine II en 1634 et l’instabilité au Mont-Liban les obligent à abandonner provisoirement leurs missions du Liban. Les Jésuites (la Compagnie de Jésus), établis dès 1625 à Alep, créent des missions à Damas, Tripoli, Ehden/Zgharta et Saida. Très tôt, ils sentent le besoin d’avoir une maison de repos au Mont-Liban et cela pour échapper aux dangers de la peste, aux vexations des pachas Ottomans et aux éventuels troubles dans les grands centres urbains. Ils trouvent dans le Kesrouan, à majorité maronite, un terrain favorable à la mission, s’installent en 1657 à Antoura et y fondent un couvent qui porte le nom de Saint Joseph.
La suppression de la Compagnie de Jésus en 1773 par le pape Clément XIV entraine la disparition des Jésuites d’Antoura en 1776. La maison reste abandonnée jusqu’à sa reprise par les Lazaristes en 1783.
La Congrégation de la Propagande de la Foi confie aux Lazaristes la Mission d’Antoura. Aussitôt arrivés, ils se mettent à sillonner la montagne, y prêchant la parole de Dieu, à l’exemple de leur saint fondateur, Vincent de Paul. Au fil des ans, leur maison deviendra un lieu de refuge et d’accueil durant les épidémies et les guerres, un pôle d’attraction pour les Orientalistes qui se rendent au Moyen-Orient, à l’instar du poète français Alphonse de Lamartine.
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